Od 1954 r. podjął w Rzymie zadania formacji, nauczania i posługi Stolicy Apostolskiej dla Katolickich Kościołów Wschodnich. Był ojcem duchownym (1954–63), Vice-rektorem (1963–67) i Rektorem (1967–95) Greckiego Seminarium w Rzymie, następnie zaś Rektorem Papieskiego Kolegium Rumuńskiego (1994-2005). Przez wiele lat wykładał w Papieskim Ateneum Sant’ Anselmo oraz na Uniwersytecie Gregoriańskim.
W maju 2000 r. otrzymał doktorat honoris causa w Sant’ Anselmo. Jego pisma zbiera monumentalna publikacja „Roma Orientalis”, będąca wyśmienitym wprowadzeniem w tematykę chrześcijańskiego Wschodu. O. Raquez przez wiele lat był Prokuratorem, czyli przedstawicielem, Kongregacji Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny przy Stolicy Apostolskiej.