Katalogi kościelne z lat międzywojennych podają o początkach parafii międzyrzeckiej i budowie pierwszego kościoła w Międzyrzeczu w 1533 roku przez Macieja Kłoczko, wojewodę witebskiego, wraz z jego małżonką Katarzyną. Budowla była drewniana. Pod koniec XIX w. parafianie utworzyli fundamenty wokół murszejących ścian kościoła celem wybudowania nowego, murowanego budynku. I oto, podczas rozpoczętej w 1891 r. budowy, ukazem carskim kościół został odebrany katolikom i przeznaczony na cerkiew prawosławną. W wyniku tego aktu przemocy dokończono budowlę nadając jej charakter świątyni prawosławnej.
W roku 1907 parafianie międzyrzeccy rozpoczęli budowę nowego, o wiele większego i piękniejszego kościoła murowanego w stylu neogotyckim, umieszczając w nim łaskami słynący obraz Matki Bożej Międzyrzeckiej. Budowę ukończono w 1911 roku, zaś uroczystego poświęcenia 17 czerwca 1936 roku dokonał abp Romuald Jałbrzykowski.
Rok 1941 w dziejach sanktuarium międzyrzeckiego zapisze się krwawymi zgłoskami. 25 czerwca tegoż roku został zamordowany rękami stalinowskich oprawców gorliwy duszpasterz, ks. Tomasz Kaliński. Po wojnie miejscowy kołchoz zamienił kościół na skład sprzętu rolniczego i zboża, i przez 50 lat okrutnie go dewastował. Ocalał jednak obraz Matki Bożej Międzyrzeckiej, figura Serca Jezusowego i obraz św. Stanisława Kostki, skrzętnie przechowywane w katolickich rodzinach międzyrzeckiej parafii.
Kiedy w 1989 r. odzyskano na nowo międzyrzecką świątynię. Wierni nie szczędzili wysiłku, aby przywrócić jej godny wygląd i z radością wprowadzić w jej wnętrze Tę, która wraz z nimi dzieliła losy wygnania i poniewierki – Międzyrzecką Panią. Pracami przy remoncie świątyni kierował odnowiciel wielu kościołów na Białorusi, o. Witold Żelwietro OFMCap.
30 sierpnia 1989 r. bp Tadeusz Kondrusiewicz w obecności o. Pacyfika Dydycza, ówczesnego definitora generalnego, duchowieństwa i innych licznie zebranych wiernych, dokonał na nowo poświęcenia międzyrzeckiej świątyni. Wkrótce po otwarciu kościoła został mianowany proboszczem o. Jan Bońkowski. Zzewnątrz kościół nie stwarzał już przykrego wrażenia pustki, lecz budził uczucia rodzącej się nadziei. Jednak wieża kościelna wymagała jeszcze wielu uzupełnień remontowych. Również brak posadzki, tabernakulum, ławek, organów, okien, bocznych drzwi wejściowych i wielu innych, niezbędnych w kościele przedmiotów, wprawiały w pewne przygnębienie. Mimo tego nie zabrakło życzliwych i gorących serc gorliwych parafian, którzy oczekiwali z nadzieją lepszego jutra.
I wreszcie, 21 października 2012 roku, kościół został ostatecznie przygotowany na uroczyste świętowanie swojego 100-lecia. Samą uroczystość jubileuszową przygotował następca o. Jana ks. Denis Szmygrin. Uroczystościom przewodniczył bp Aleksander Kaszkiewicz przy współudziale wiceprowincjała kapucynów na Białorusi o. Andrzeja Żylewicza, oraz o. Henryka Kuczyńskiego, parafianina międzyrzeckiego, o. Jana Bońkowskiego, byłego proboszcza w Międzyrzeczu (1989-2009), o. Wiktora, duchownego cerkwi prawosławnej w Międzyrzeczu, kapłanów i innych licznie zgromadzonych wiernych.
Po Mszy św. ks. bp Aleksander podziękował wszystkim, którzy przyczynili się do zorganizowania uroczystości jubileuszowych świątyni i odznaczył o. Jana Bońkowskiego medalem papieskim Pro Ecclesia et Pontifice za długoletnią pracę w międzyrzeckiej parafii.
Br. Jan Bońkowski
Za: www.kapucyni.pl