Franciszkanie (po czesku minoryci) zostali sprowadzeni do Pragi przez Wacława I w 1232 roku. Osiedlili się nieco na północ od praskiego Rynku (ulica Malá Štupartská). Ich świątynia (Kostel svatého Jakuba Většího) pierwotnie była zbudowana w stylu gotyckim. Barokowa przebudowa gotyckiego kościoła nastąpiła po pożarze w roku 1689. Dodano wówczas ponad 20 ołtarzy bocznych, w których widnieją obrazy mistrzów, takich jak Jan Jiři Heinsch, Peter Brandl i Václav Vavfinec Reiner. Nagrobek hrabiego Wratysława z Mitrovic, wykonany w latach 1714-1716 przez rzeźbiarza Ferdinanda Brokofa, według projektu Johanna Bernharda Fischera von Erlach jest uważany za najpiękniejszy barokowy nagrobek w Czechach. Bazylika Św. Jakuba słynie z doskonałej akustyki, dlatego też odbywa się w niej wiele koncertów i recitali.
Jezuitów sprowadził do Pragi w 1556 cesarz Ferdynand I Habsburg. W pobliżu Mostu Karola oddał im zabudowania byłego klasztoru dominikańskiego św. Klemensa. Pod koniec XVI w. jezuici zaczęli starać się o przejęcie kościoła św. Mikołaja ulokowanego na Małej Stranie, który powstał jeszcze w XIII w. Starania te zostały uwieńczone sukcesem w 1625. Zakonnicy wykupili sąsiednie domy, budując na ich miejscu kompleks klasztorny.
Stary gotycki kościół istniał jeszcze do 1737, podczas gdy obok pod kierownictwem m.in. Giovanniego Orsiego i Francesco Lurago, ale przede wszystkim architektów z rodu Dientzenhoferów stawiano nową świątynię barokową. Powstał potężny salowy kościół, z bocznymi kaplicami, zwieńczony widoczną z dala potężną kopułą (o średnicy 17 m). Ostatecznie prace zakończył Anselmo Lurago dopiero w 1755, wtedy też świątynia uzyskała swój wystrój wewnętrzny z imponującymi freskami – w nawie głównej przedstawiającym życie i cuda patrona, a we wnętrzu kopuły – św. Trójcę. Z 1746 pochodzą organy, a dzięki swej akustyce kościół dziś jest częstym miejscem koncertów (tradycja ta sięga XVIII w., wówczas grał tu np. Wolfgang Amadeusz Mozart).