Niedługo po kanonizacji św. Franciszka, która odbyła się 16 lipca 1228 r., papież Grzegorz IX postanowił wznieść okazałą świątynię ku czci serafickiego ojca, w której byłyby przechowywane jego doczesne szczątki. Papież pobłogosławił kamień węgielny i w 1230 r. nakazał przeniesienie ciała Świętego z kościoła św. Jerzego do nowej bazyliki, która zaczęła być nazywana „głową i matką” Zakonu franciszkańskiego. W 1253 r. papież Innocenty IV uroczyście poświęcił górną i dolną część bazyliki. Świątynia została podniesiona do rangi bazyliki patriarchalnej i kaplicy papieskiej przez Benedykta XIV w 1754 r.
Mszy Świętej, która odbyła się 26 maja 2020 r. przewodniczył minister generalny o. Carlos Trovarelli. Uczestniczyli w niej przedstawiciele rodzin franciszkańskich z diecezji asyskiej, a także przewodnicząca regionu Umbrii, Donatella Tesei, i burmistrz Asyżu, Stefania Proietti.
W homilii o. Carlos przypomniał, że „to, co dzisiaj świętujemy, jest żywym wspomnieniem obecności Boga w historii, obecności przejawiającej się w «ewangelicznej małości» św. Franciszka i w «artystycznej wielkości» tej świątyni. Jej mury, chociaż tak wymowne i bezcenne dla dziedzictwa artystycznego, byłyby bezużyteczne, gdybyśmy nie zobowiązali się do życia przykazaniem, jakie otrzymaliśmy od Pana. Ta bazylika, przemawiająca swoim szczególnym «językiem», wzywa do «dialogu ze światem», z wierzącymi, z niewierzącymi, z ludźmi dobrej woli, z tymi, którzy szanują pokój, z tymi, którzy szukają bardziej ludzkiego i sprawiedliwego życia, z tymi, którzy chcą być naśladowcami Chrystusa na śladach św. Franciszka… Niech seraficki ojciec pomoże nam w pełni przeżywać nasze powołanie chrześcijańskie, przemieniając w żywe kamienie domu Bożego, którym jest Kościół, oraz z entuzjazmem realizować nasze powołanie franciszkańskie, abyśmy byli «wspólnotą ewangeliczną» otwartą na świat i niosącą nowość życia”.
Po liturgii, biorąc pod uwagę wymóg dystansu społecznego i zasady obowiązujące z powodu koronawirusa, tylko bracia z trzech wspólnot kustodii kontynuowali świętowanie i wzięli udział w kolacji w refektarzu, a następnie w spotkaniu braterskim.