Związki Karola Wojtyły z Bazyliką św. Franciszka z Asyżu mają swoje korzenie jeszcze w latach studenckich przyszłego papieża. Już wówczas często przychodził tutaj na modlitwę, mając blisko z „Gołębnika”, czyli budynku polonistyki UJ przy ul. Gołębiej 20. Później już jako arcybiskup zamieszkał w najbliższym sąsiedztwie świątyni i każdego dnia przychodził się tu modlić, klęcząc w ławce na tyłach nawy głównej.
Jako papież, w czasie odwiedzin franciszkańskiej bazyliki podczas swojej I pielgrzymki do ojczyzny, powiedział: „Jako arcybiskup w Krakowie mieszkałem w pobliżu średniowiecznego kościoła franciszkańskiego i często chodziłem tam na prywatną modlitwę i odprawiałem Drogę Krzyżową. […] Chwile te dziś bardzo przyjemnie wspominam”.
Nieraz dochodziło do tego, że zatopionego na modlitwie księdza, potem biskupa, arcybiskupa i kardynała Wojtyłę zaskakiwał brat zamykający świątynię. Z czasem, nad ulubioną ławką z lewej strony nawy głównej (zaraz od wejścia zachodniego) zamontowano specjalną lampkę dla dostojnego gościa. Obecnie, jeszcze w latach pontyfikatu, ławkę tę opatrzono metalową tabliczką ze znaczącym napisem: „Tu modlił się Ojciec Święty Jan Paweł II”. Lubił też modlić się przed wizerunkiem Matki Bożej Bolesnej w kaplicy pod jej wezwaniem. Po drugiej stronie nawy, w kaplicy Męki Pańskiej modlił się przy niezwykłych stacjach Drogi Krzyżowej, które Józef Mehoffer malował przez wiele lat, od 1933 do 1946 roku. Były więc gotowe w roku święceń kapłańskich Karola Wojtyły (1 listopada 1946). Tu w piątki Wielkiego Postu o godzinie 15.00 odprawiał swą prywatną Drogę Krzyżową.
W czasie biskupiej posługi w Krakowie, Karol Wojtyła zazwyczaj żegnał stary rok i witał nowy Mszą Świętą odprawianą o północy we franciszkańskiej bazylice.
W czasie I pielgrzymki do ojczyzny, 9 czerwca 1979 r., młody i energiczny papież Jan Paweł II spotkał się tutaj z ludźmi chorymi. Po latach, zwłaszcza w obliczu cierpień odchodzącego papieża, to spotkanie nabierze szczególnego znaczenia. Zdarzenie to upamiętnia tablica na lewo od wejścia głównego (zachodniego).
W czasie IV pielgrzymki do Polski, 13 sierpnia 1991 r., na ołtarzu polowym przed bazyliką Mariacką, na Rynku Głównym Krakowa odprawił uroczystą Mszę Świętą beatyfikacyjną Anieli Salawy. Później, powtórnie jako papież, nawiedził bazylikę św. Franciszka z Asyżu. Modlił się przy grobie bł. Anieli Salawy w kaplicy Męki Pańskiej i przed wizerunkiem Matki Boskiej Smętnej Dobrodziejki Krakowa. Spotkał się z rodzinami dwóch franciszkańskich męczenników (już błogosławionych – o. Michała Tomaszka i o. Zbigniewa Strzałkowskiego) z krakowskiej prowincji, którzy kilka dni wcześniej zginęli z rąk terrorystów ze Świetlistego Szlaku w Peru.
W czasie pamiętnych dni kwietniowych 2005 r., w czasie modlitw o zdrowie papieża, a po jego odejściu – czuwania, bazylika przez wiele nocy nie była zamykana, a plac między nią a Pałacem Biskupim, ze słynnym papieskim oknem, przekształcił się w plac kościelny.
Również przejmująca z głębi serca była treść wielkiego transparentu, wywieszonego przez franciszkanów na budynku seminaryjnym: „Bądź pochwalony, Panie… za Jana Pawła II. Franciszkanie – sąsiedzi”.
Janie Pawle II, nasz Święty Sąsiedzie – módl się za nami!