Po teologii przez rok pracował jako operariusz i katecheta w Rudzie Śląskiej, a następnie został skierowany do Czechowic-Dziedzic, gdzie odbył trzecią probację. Płodzku. W 1981 r. został przeniesiony do Starej Wsi, gdzie przebywał do roku 1988, kiedy to został skierowany do pracy duszpasterskiej oraz objął funkcję ministra we Wrocławiu przy ul. Nankiera. W 1990 r. powrócił na krótko do Starej Wsi. W latach 1991-1994 pracował w Zakopanem, zaś w latach 1994-2000 znów w Nowym Sączu przy ul. Piotra Skargi. Od roku 2000 do roku 2004 był operariuszem w Opolu. Przez ponad dziewięć ostatnich lat mieszkał w krakowskim kolegium przy ul. Kopernika, gdzie leczył się i w miarę możliwości pomagał w pracy duszpasterskiej przy bazylice.
O. Piotr Czerniak zmarł rankiem 19 grudnia 2013 r. po długiej i ciężkiej chorobie, jaka wyczerpała jego siły.
Jego pogrzeb odbędzie się w poniedziałek 23 grudnia: o godz. 10.00 w Bazylice Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ul. Kopernika 26 zostanie odprawiona żałobna Msza św., a o godz. 12.00 spod bramy Cmentarza Rakowickiego wyruszy kondukt żałobny.