Miejsce to ma szczególne znaczenie dla Zakonu Braci Mniejszych, gdyż tu właśnie zakonnicy zostali sprowadzeni przez św. Jadwigę Śląską krótko po śmierci św. Franciszka (zmarł w 1226 r). Obecność franciszkańska na tym miejscu była przerywana przez różnego rodzaju doświadczenia dziejowe (trzeba wspomnieć szczególnie tragiczne wydarzenie z XV w., kiedy to po najeździe husytów na Złotoryję, cała wspólnota zakonna poniosła śmierć męczeńską), jednakże za każdym razem bracia mniejsi wracali do klasztoru, który – jakby nie patrzeć – jest kolebką franciszkanizmu na ziemiach Polski. Ostatnie wygnanie braci mniejszych miało miejsce w 1810 r. w związku z następstwami sekularyzacji. Od tamtej pory w kościele i parafii posługę sakramentalną sprawowali kapłani diecezjalni.
Nowo erygowana wspólnota zakonna rozpocznie kolejny etap dziejów franciszkanów w Złotoryi z dniem 30. czerwca 2014 r. Pierwszym gwardianem (przełożonym) po 204 latach, został mianowany o. Ryszard Maraś, biblista, profesor WSD; jego zastępcą (wikarym domu) i jednocześnie proboszczem parafii został o. Bogdan Koczor, który w Prowincji pełni także funkcję duszpasterza trzeźwościowego. Do wspólnoty zakonnej należy także o. Norbert Kiwus (dotychczasowy kapelan Szpitala Wojewódzkiego we Wrocławiu) oraz – najmłodszy – o. Tyberiusz Pietras, któremu powierzono funkcję wikariusza parafialnego.
Uroczysta Msza św. inaugurująca powrót franciszkanów zaplanowana jest na niedzielę, 6. lipca na godz. 13.00.