Okupacja nazistowska dość szybko przekształciła się w prześladowanie religijne, realizowane w sposób systematyczny i szczególnie gwałtowny w katolickiej Polsce. Już 7 listopada 1939 r. Ks. Drzewiecki i prawie cały kler Diecezji Włocławskiej, łącznie z seminarzystami i Biskupem Michałem Kozalem, zostali aresztowani i umieszczeni w wiezieniu. Rozpoczęła się długa droga krzyżowa upokorzeń i cierpień: Włocławek, Ląd, Szczyglin, Sachsenhausen i wreszcie Dachau. Ks. Franciszek był wspominany przez współwięźniów jako człowiek, który budował swoją uprzejmością i gorliwością, co zapisał w swojej znanej książce “Jasne promienie w Dachau” Bp Fr. Korszyński (Pallottinum, Poznań 1954, s.193).
Internowany do Dachau 14 grudnia 1940 r. Ks. Fr. Drzewiecki po 2 latach trudów, niedostatków, przymusowych robót został wyeliminowany z życia czynnego jako “niezdolny do pracy”. Zmarł 13 września 1942 r., mając zaledwie 34 lata życia i 6 lat kapłaństwa.
Liczne są świadectwa szlachetności i świętości życia ks. Drzewieckiego. Najbardziej wzruszające z nich jest świadectwo ks. Józefa Kubickiego, również orionisty. Wraz z ks. Franciszkiem znalazł się w Dachau jako 24-letni kleryk. Posłuchajmy jego świadectwa.
“Zaraz po przybyciu do obozu zostaliśmy zaprowadzeni do łaźni. Tutaj zabrano nam wszystkie nasze rzeczy a dano nam pasiaki z numerami. Ks. Drzewiecki starał się trzymać mnie blisko siebie, dlatego, gdy ja otrzymałem numer 22665 jemu przypadł następny, a więc nr 22666.
W obozie pracowałem jako stolarz. Tymczasem ks. Drzewiecki zosta_ wyznaczony do pracy na plantacjach. Musiał więc wraz z innymi współwięźniami pokonywać długie i wyczerpujące marsze, aby dojść do pracy. Pracowano bez względu na warunki klimatyczne, pod palącym słońcem, na deszczu i wietrze. Pamiętam jak pewnego dnia ks. Drzewiecki przyniósł mi jakieś “rośliny”, których nie znałem. Podając mi je, mówił: “Jedz Józiu. We Włoszech te rośliny się jada i dobrze robią”.
Ciągle wypatrywaliśmy siebie w tłumie więźniów. Ks. Franciszek pragnął przekazać mi wiele wiadomości, zwłaszcza o Włoszech, gdzie przebywał przez 6 lat: o Ks. Orione i o życiu rozwijającego się prężnie nowego Zgromadzenia zakonnego. Często zachęcał mnie, abym pozostał wierny powołaniu, wytrwał i myślał o mojej przyszłości”.
Nadszedł jednak czas, kiedy ks. Drzewiecki, pracując na plantacjach tak wyczerpał swoje siły, że się ciężko rozchorował a całe jego ciało opuchło. Ponieważ nie mógł chodzić, umieszczono go na “rewirze”, tzn. na sali chorych. Właśnie w tym czasie przybyła tam specjalna komisja i wszystkich, którzy nie byli już w stanie powrócić do pracy likwidowano za pomocą gazu albo w inny sposób. Ks. Drzewiecki został przeznaczony do oddzielnego bloku i wpisany na listę do transportu “inwalidów”. Te transporty kończyły się w piecu krematoryjnym. Również Ks. Drzewieckiego wywieziono takim transportem 10 sierpnia 1942 r. i zagazowano w Zamku w Hartheim, w pobliżu Linzu.
“Był wczesny ranek” – wspomina ks. Kubicki – zakończyłem swoją nocną zmianę pracy. Główną ulicą obozu prowadzono tzw. “inwalidów”, aby przygotować dla nich transport. Ks. Drzewiecki, choć wiedział, że ryzykuje, zdobył się resztkami sił na przejście przez drogę, aby mnie pożegnać. Zapukał do okna. Zerwałem się z posłania, podbiegłem do okna i usłyszałem:
“Józiu, żegnaj! Odjeżdżamy!”.
Byłem tak przestraszony, że nie umiałem wypowiedzieć ani jednego słowa żalu. Tymczasem ks. Drzewiecki kontynuował:
“Józiu, nie miej żalu. My, dziś, jutro Ty…”.
Z wielkim spokojem powiedział jeszcze:
“My odchodzimy… lecz jako Polacy ofiarujemy nasze życie Bogu, Kościołowi i Ojczyźnie” Były to jego ostatnie słowa”.
Ks. Drzewiecki ukazał w tym najważniejszym i dramatycznym momencie, że jest dobrym pasterzem gotowym “oddać życie za swoje owce” (J 10,11), co wyraził w świadomej i dobrowolnej ofierze ze swego życia, które – w świetle faktów – zostało mu niesłusznie odebrane. Mógłby powtórzyć za Jezusem: “Ja życie moje oddaję, aby je (potem) znów odzyskał. Nikt mi go nie zabiera, lecz ja od siebie je oddaję.” (J 10,17-18).
Dla Ks. Drzewieckiego, powierzenie się Chrystusowi, Ofierze i Panu śmierci, zanim wejdzie do konwoju “invalidentransport”, osiąga swój szczyt w tym pozdrowieniu: “Bogu, Kościołowi, Ojczyźnie”. Ks. Inf. Władysław Sarnik, również więzień obozu w Dachau, wspomina ks. Drzewieckiego jako “człowieka – entuzjastę, dobrego kapłana, człowieka pobożnego w ścisłym tego słowa znaczeniu, zatroskanego przyjaciela, pogodnego, pokornego (lecz w pokorze ukrywał swoją wielkość), człowieka, który nigdy nie narzekał, który w upokorzeniach zachowywał się jak bohater i który nigdy nie wyrażał się negatywnie o prześladowcach”. “Jest to prawdziwy męczennik”, określił Ks. Drzewieckiego ks. Arcybiskup Bronisław Dąbrowski.
Jest to wspomnienie wprost zobowiązujące. Kościół i społeczeństwo przede wszystkim budują święci.