Obecny w stylu rokokowym wykonał w 1788 r. Jan Millman – co poświadcza napis na ołtarzu „A.D. 1788 Joannes Millman fecit.”(łac., wykonał, napis na dziełach sztuki po nazwisku artysty).Zdobi go sześć wielkich filarów, pomiędzy którymi umieszczono figury czterech Ewangelistów z atrybutami. Odpowiednio od lewej stoją: św. Marek z lwem, św. Łukasz z wołem, św. Jan z orłem i św. Mateusz z dzieckiem. W zwieńczeniu ołtarza, w okrągłym ażurowym oknie, figura patrona naszej świątyni św. Tomasza w otoczeniu aniołów. Środek ołtarza wypełnia obraz z 1 poł. XVII w. przedstawiający Wniebowzięcie Najświętszej Marii Panny. Pod ołtarzem spoczywają szczątki sulejowskich męczenników. Prace konserwatorskie prowadzi pracownia „Ars Fortis” z Krakowa – Pani Maria Lelek – Pietrzak i Pani Halina Cielak. Obie Panie są konserwatorkami dzieł sztuki.