Modlitwa Apelu posiada swoją historię, ale najważniejszą częścią jest fakt aresztowania Prymasa Tysiąclecia – Stefana kard. Wyszyńskiego. Wtedy to właśnie rozpoczęto na Jasnej Górze intensywne modlitwy o jego uwolnienie. 8 grudnia 1953 r. wprowadzono codzienny Apel w intencji Kościoła w Polsce, doświadczającego prześladowań ze strony władz systemu totalitarnego.
Zachętę do modlitwy apelowej skierował do jasnogórskich pielgrzymów ówczesny przeor klasztoru o. Jerzy Tomziński, który mówił: „Staniemy wszyscy na jasnogórski Apel codziennie o godzinie dziewiątej wieczorem, przeniesiemy się myślą i modlitwą na Jasną Górę. Wszyscy jak nas jest 30 mln Polaków na całym świecie, wszyscy o jednej godzinie, gdziekolwiek będziemy, czy w pracy, czy na ulicy, czy w kinie, czy na zabawie, wszyscy zbratani jedną myślą, jednym polskim sercem, stajemy przy naszej Pani i Królowej, przy Matce i Pocieszycielce, aby prosić i żebrać za Polskę, za Naród”.
Pierwotnej genezy Apelu Jasnogórskiego można się jednak doszukiwać już w 1918 r., gdy 4 listopada polscy żołnierze z 22. Pułku Piechoty, dowodzeni przez ppor. Artura Wiśniewskiego, wyzwolili Jasną Górę spod okupacji austriackiej. Wtedy to o 21.15 stanęli wraz z paulinami przed Cudownym Obrazem Królowej Polski i dziękowali za odzyskaną po 123 latach zaborów wolność.
W czasie II wojny światowej kpt. Władysław Polesiński, pilot, podczas próbnego lotu usłyszał nagle jakby wewnętrzny rozkaz: „Zniż lot, ląduj!” Wylądował szczęśliwie, a po tym, jak wysiadł, samolot eksplodował. Było to o godz. 21.00. Gdy po powrocie do domu opowiedział swojej żonie o tym wydarzeniu, ona zapytała go, którego to było dnia i o której godzinie. Okazało się, że właśnie tego dnia o godz. 21.00 polecała go Matce Bożej. Kapitan stanął „na baczność”, zasalutował i zwrócił się do Matki Bożej Jasnogórskiej, meldując się Jej jako swemu Dowódcy, od którego otrzymał wewnętrzny nakaz ratujący go od śmierci. Odtąd czynił to codziennie.
Kapitan Władysław Polesiński, wcześniej skłócony z Panem Bogiem, nawrócił się, zmienił życie i założył wśród oficerów polskich katolicką organizację – „Krzyż i Miecz”. Członkowie tej organizacji mieli w zwyczaju codziennie o godz. 21.00 meldować się na apel przed Matką Bożą Częstochowską. W tej historii upatruje się też genezy Apelu Jasnogórskiego.
W obozie koncentracyjnym Dachau w 1942 r. z inicjatywy bł. ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego powstała grupa modlitewna, która o godz. 21.00 spotykała się duchowo z Matką Bożą, zdając Jej raport wierności i miłości. Z kolei w okupowanym kraju ks. Leon Cieślak, pallotyn, szerzył praktykę duchowej łączności z Jasną Górę wśród młodzieży akademickiej i w zespołach Sodalicji Mariańskiej. Również jezuita ks. Aleksander Kisiel, duszpasterz sodalicji w Warszawie, propagował w czasie wojny i po niej „raport rycerski”, przypominający swą formą Apel Jasnogórski. Pamiątką z owych czasów są obrazki Matki Bożej Jasnogórskiej, gdzie na odwrocie czytamy: „Apel Jasnogórski o dziewiątej wieczorem. Matko Najświętsza, jestem przy Tobie, pamiętam, czuwam”. Obrazków tych wydrukowano milion. To właśnie wtedy pojawiło się po raz pierwszy zestawienie obok siebie słów „jestem, pamiętam, czuwam”. Wkrótce ks. Kisiel dokonał zmiany nazwy z „raportu rycerskiego” na Apel Jasnogórski. Miało to miejsce najprawdopodobniej w 1948 r.
W pierwszym Apelu 8 grudnia 1953 r. uczestniczyło zaledwie kilka osób, które zgromadzone przed Cudownym Obrazem prosiły o uwolnienie internowanego wówczas Prymasa kard. Stefana Wyszyńskiego i za Ojczyznę.
Nowe impulsy dla Apelu jako wieczornego nabożeństwa maryjnego dały Jasnogórskie Śluby Narodu z 1956 r., potem do jego upowszechnienia przyczyniła się peregrynacja kopii Cudownego Obrazu Matki Bożej. Z okazji rozpoczęcia tzw. „czuwań soborowych” w 1962 r. ówczesny przeor Jasnej Góry o. Anzelm Radwański podjął decyzję, aby praktykę wieczornego spotkania z Królową Polski ożywić i pogłębić. Postanowiono więc na tę wyjątkową chwilę odsłaniać Cudowny Obraz i nadać temu nabożeństwu bogatszą oprawę. Najczęściej od Apelu zaczynały się czuwania modlitewne wiernych w intencji prac ojców Soboru Watykańskiego II. Tak pomyślana modlitwa zaczęła gromadzić nie tylko pielgrzymów przybyłych na „czuwania soborowe”, ale także mieszkańców Częstochowy.
Po powrocie kard. Stefana Wyszyńskiego na stolicę prymasowską Apel wzbogacił się o specjalne modlitewne rozważania i intencje. Odtąd Prymas Tysiąclecia błogosławił o godz. 21.00 całej Polsce i Polonii rozsianej po wszystkich kontynentach.
Postawa Prymasa Wyszyńskiego, który nie tylko na Jasnej Górze, ale wszędzie gromadził wiernych na to wieczorne spotkanie z Królową Polski przyczyniła się do spopularyzowania modlitwy apelowej. Największym promotorem i animatorem Jasnogórskiego Apelu był Jan Paweł II.
W 2003 r. papież z Polski tak mówił: „stale powtarzam tę modlitwę, zanosząc przed oblicze Czarnej Madonny wszystkie sprawy Polski, świata i Kościoła na całym okręgu ziemi. Nie przestaję też zachęcać do nieustannego powracania do tej miłości, jaka w niej jest zawarta. To jest źródło ufności na każdy czas. Modlę się, aby wszyscy, którzy zwracają się do Jasnogórskiej Pani, obficie z tego źródła czerpali i znajdowali umocnienie na trudnych drogach trzeciego tysiąclecia”.
Dziś ta wieczorna modlitwa gromadzi miliony Polaków obecnych na Jasnej Górze i rozsianych po całym świecie. Od 1995 r. Apel Jasnogórski jest codziennie transmitowany przez Radio „Jasna Góra” a za jego pośrednictwem przez inne stacje. Codzienna transmisję prowadzi także telewizja „Trwam”. Apel został też przełożony na sześć języków.
Codziennie o 21.00 na Jasnej Górze bije największy dzwon Królowej Polski – „Maryja”. Przypomina, że Matka Boża od ponad 300 lat nosi polską koronę. Na to szczególne nabożeństwo maryjne składają się: pradawna pieśń „Bogurodzica”, trzykrotnie śpiewany hejnał: Maryjo, Królowo Polski, modlitewne rozważanie, dziesiątka różańca, antyfona „Pod Twoją obronę”, wezwania „Królowo Polski i Matko Kościoła” oraz błogosławieństwo, którego udziela prowadzący rozważanie albo któryś z dostojników kościelnych. Całość trwa ok. 20 minut. Jego słowa powtarzają wszyscy razem, ale jednocześnie każdy składa przyrzeczenie osobiście: „Jestem! Pamiętam! Czuwam!”.
Przez te dziesiątki lat Apel Jasnogórski stał się modlitwą całej katolickiej Polski, która chce trwać mocno przy Krzyżu i Kościele, modląc się przez wstawiennictwo Królowej naszego Narodu. Dzięki Janowi Pawłowi II Apel wszedł do dziedzictwa Kościoła powszechnego przez nadanie mu światowego wymiaru w „Apelu Młodych”, który został odmówiony podczas VI Światowego Dnia Młodzieży w sierpniu 1991 r.