W naszym Sanktuarium czcimy również w szczególny sposób relikwie Chrystusowego Krzyża oraz związany od wieków z naszą bazyliką łaskami słynący wizerunek Pana Jezusa Ukrzyżowanego. Kiedy cystersi przybyli do Mogiły, zastali tu resztki obrzędów pogańskich, odprawianych u stóp kopca Wandy, córki Kraka – legendarnego założyciela Krakowa. Postawili tu krzyż i rozpoczęli ewangelizację. Następnie wybudowali kościół, w którym Chrystusowy Krzyż zajaśniał szczególnymi łaskami. Jego dzieje, a zwłaszcza początki, giną w zakamarkach historii. W południowej ścianie krużganków znajduje się wmurowana płyta pochodzącą z kaplicy Krzyża Świętego, noszącą ślady wyżłobione kolanami pielgrzymów. Jest ona świadectwem bardzo żywego kultu, który rozwijał się w poprzednich wiekach.
Wielki odpust w Mogile rozpoczynają Nieszpory Pontyfikalne (13 września) śpiewane po łacinie przez wspólnotę cystersów oraz uroczysta Msza św. z procesją pokutną z relikwiami Krzyża Świętego.
Każdego dnia wedle stałego porządku odprawiane są w bazylice Msze św. i nabożeństwa, podczas których przybywający licznie pielgrzymi rozważają bolesną mękę naszego Zbawiciela, uwielbiają Go i dziękują za wszelkie dobro w życiu. Przychodzą również, by żałować za swe grzechy i przewinienia oraz prosić o łaski dla siebie i swoich bliskich.