W czasie kolejnych remontów usunięto część empor, wstawiono nowe witraże, odrestaurowano ołtarz główny, dodano ołtarze boczne i figury, a w północno-zachodnim narożniku powstała kaplica adoracji Najświętszego Sakramentu. W nocy z 8 na 9 maja 1989 r. z niewyjaśnionych do końca przyczyn wybuchł pożar, który zniszczył zabytkowe organy i malowidła za ołtarzem.
W lutym 2004 r. sprowadzono 63 głosowy instrument, pochodzący z ewangelickiego kościoła w Duisburgu w Niemczech. W następnych latach szczęśliwie zakończono odbudowę organów oraz prace przy polichromii. W okresie 2009-2012 miały miejsce gruntowne prace konserwatorskie i restauratorskie, którym poddano kościół z wieżą, stolarkę drzwiową i okienną, a także ambonę, żyrandol i kropielnicę. Odnowiona świątynia cieszy dziś licznie odwiedzających to miejsce wiernych i gości.
Zapraszamy do wysłuchania audycji z okazji 70. rocznicy przybycia Towarzystwa Jezusowego do Torunia.
Za: www.jezuici.pl.